Le chef de l'Etat, qui a passé sept jours à l'isolement dans la résidence officielle de La Lanterne à Versailles près de Paris, "suit de près la situation sanitaire, en lien en particulier avec le Premier ministre Jean Castex et le ministre de la Santé Olivier Véran", a ajouté la présidence.
Il n'a pas été précisé quand Emmanuel Macron était arrivé au fort de Brégançon ni quand il avait prévu de repartir à l'Elysée.
Le président doit présenter ses vœux jeudi soir aux Français qui s'apprêtent à passer la nuit de la Saint-Sylvestre sous couvre-feu à partir de 20h00.
Après avoir été testé positif au Covid-19 le 17 décembre, Emmanuel Macron était resté une semaine à l'isolement à La Lanterne, et était retourné à l'Elysée le 24 décembre, car il ne présentait "plus de symptômes".
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Jean Castex, cas contact du chef de l'Etat, s'était placé à l'isolement une semaine, mais a été testé négatif.
Un premier cas de contamination par le variant du Covid-19 apparu au Royaume-Uni a été confirmé vendredi en France, avant le début dimanche de l'injection des premiers vaccins, arrivés en France samedi.
Selon plusieurs études présentées au Royaume-Uni, le nouveau variant est plus contagieux que la souche d'origine. L'une d'elles estime que cette contagiosité est supérieure de "50% à 74%" et que cela pourrait avoir des conséquences sur le nombre de décès et d'hospitalisations liés au Covid-19 outre-Manche.