"Les derniers membres d'équipage quittent l'avion avec les pirates", a annoncé dans l'après-midi le Premier ministre maltais, Joseph Muscat, qui a communiqué sur Twitter pendant toute l'opération. "Les pirates de l'air se sont rendus, ils ont été fouillés et placés en détention", a-t-il ajouté.
Selon le ministre des Affaires étrangères du gouvernement d'union nationale (GNA), Taher Siala, les pirates de l'air sont des partisans de l'ancien régime de Mouammar Kadhafi qui réclament l'asile politique à Malte et veulent annoncer la création d'un parti pro-Kadhafi.
Selon des images de télévision, l'un des deux pirates est sorti de l'avion durant quelques instants en brandissant le drapeau vert de la Libye sous Kadhafi.
Mais lors d'un point presse à la fin de la crise, M. Muscat a démenti que les deux pirates de l'air, "probablement de nationalité libyenne", aient demandé l'asile.
Les premiers éléments de l'enquête "montrent que les armes utilisées, identiques, étaient des faux", a affirmé le gouvernement maltais dans un communiqué, précisant que la fouille de l'avion se poursuivaiit pour s'assurer qu'aucun explosif ou arme ne s'y trouvait.
L'avion, un Airbus A320 de la compagnie Afriqiyah Airways, était parti de Sabha, dans le sud de la Libye, avec 28 femmes, un bébé et 82 hommes en plus des six membres d'équipage, en direction de Tripoli.
Mais les pirates ont obligé le pilote à poursuivre environ 350 km plus au nord, jusqu'à Malte. M. Muscat avait indiqué qu'ils avaient été appréhendés en possession d'une grenade et d'un pistolet, et qu'un autre pistolet avait été retrouvé dans l'avion.
L'appareil a atterri à 11H34 (10H34 GMT) à l'aéroport international Luqa et a été rapidement isolé, entouré de militaires.
Des négociations ont été entamées avec les deux pirates de l'air. Ils "ont été informés qu'ils devaient libérer tous les passagers s'ils voulaient discuter. Cela a fait l'objet d'une négociation et cela a été accepté".
Une heure et demie après l'atterrissage, 25 femmes et le bébé ont pu descendre de l'avion. Rapidement, la totalité des passagers, ainsi que deux membres d'équipage ont suivi.
Selon un correspondant de l'AFP sur place, les passagers sont descendus de l'avion calmement, sans courir ni crier. Une heure plus tard, les autres membres d'équipage étaient libres et les preneurs d'otages en détention.
L'aéroport a été fermé plusieurs heures et les vols en provenance notamment de Londres, Bruxelles et Paris ont été déroutés, avant de pouvoir à nouveau emprunter la piste.
La Libye est plongée dans le chaos depuis la chute du dictateur Mouammar Kadhafi en 2011 et plusieurs milices se disputent le contrôle du territoire, en dépit de l'installation d'un gouvernement d'union nationale (GNA), soutenu par la communauté internationale.
Le chef de ce gouvernement, Fayez al-Sarraj, a annoncé samedi la libération de Syrte, ville natale de Kadhafi devenue un bastion de l'organisation de l'Etat islamique (EI).
La perte de Syrte est un important revers pour l'EI mais il reste toujours des jihadistes en Libye, comme en a témoigné un attentat suicide à Benghazi dimanche.
Le GNA espère sortir renforcé de la bataille de Syrte au moment où il peine toujours, depuis son installation fin mars à Tripoli, à asseoir son autorité dans un pays dévasté par les conflits.
Seules des compagnies locales, qui n'ont pas le droit d'entrer dans l'espace aérien européen, assurent des vols en Libye, avec quelques liaisons vers Tunis, Le Caire, Amman, Istanbul et Khartoum.