"Seize personnes ont péri dans le deuxième séisme", a indiqué à l'AFP Mariko Kuramitsu, fonctionnaire de la préfecture de Kumamoto. Une université de la région a par ailleurs annoncé la mort de deux de ses étudiants.
Le tremblement de terre était d'une magnitude 7,1 selon l'agence de météorologie japonaise et de 7 d'après l'Institut de géophysique américain (USGS). Les autorités avaient dans un premier temps redouté un tsunami avant de lever leur avis de risque de raz-de-marée.
Le premier séisme enregistré jeudi d'une magnitude de 6,5 avait détruit nombre de maisons dans la petite ville de Mashiki de la préfecture de Kumamoto, à quelque 900 kilomètres de Tokyo. 9 morts et 900 blessés, dont une cinquantaine grièvement, ont été déplorés.
Après ces deux séismes, le bilan provisoire s'élève à 27 morts.
