Le typhon Jongdari, accompagné de vents allant jusqu'à 180 km/h, a touché le territoire japonais à Ise, dans la préfecture de Mie, à environ 01H00 du matin dimanche (16H00 GMT samedi), selon la chaîne de télévision nationale NHK. Il a cependant été rétrogradé dans la foulée en tempête tropicale, mais l'état d'alerte demeurait dans de nombreuses provinces.
"Nous n'avons pas cessé d'être en état d'alerte depuis les inondations catastrophiques" de début juillet, a déclaré Koji Kunitomi, un responsable des services de gestion de crise dans la préfecture d'Okayama, dans l'ouest du Japon. "Heureusement, à ce stade, il n'y a pas de nouvelles inondations", a-t-il dit à l'AFP.
Après avoir déversé des pluies torrentielles sur l'est du Japon, la tempête évoluait dimanche midi en direction de l'ouest, et les autorités ont exhorté des dizaines de milliers de personnes à évacuer avant que les précipitations ne s'intensifient. Les télévisions diffusaient des images de vagues énormes se brisant sur les rochers et les digues au sud-ouest de Tokyo, et d'arbres ballottés au gré des vents.
Au moins 19 personnes ont été blessées dans six préfectures de l'archipel, selon la télévision publique NHK. Les vagues ont explosé samedi soir les fenêtres d'un restaurant donnant sur l'océan dans la station touristique d'Atami, au sud-ouest de la capitale.
"Nous ne pensions pas que cela puisse arriver. Les vagues se sont engouffrées dans le restaurant. Nous sommes reconnaissants aux clients d'avoir respecté les consignes d'évacuation", a déclaré à l'AFP un responsable de l'établissement. "Heureusement, personne n'a été grièvement blessé", a-t-il dit en précisant que cinq personnes avaient été touchées par des morceaux de verres cassés.
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Jongdari évoluait dimanche dans le Chugoku, la région occidentale où des pluies d'une ampleur exceptionnelle ont provoqué début juillet des inondations et des glissements de terrain qui ont fait environ 220 morts. Plus de 4.000 survivants y vivent encore dans des abris provisoires et de nombreux habitants dans leurs maisons endommagées.
Ces inondations ont été le pire désastre provoqué par des intempéries qu'ait connu le Japon depuis des décennies. Avant l'arrivée de la tempête, les autorités avaient averti la population du risque de pluies torrentielles, de glissements de terrain, de vents très violents et de grosses vagues. Elles avaient appelé à des évacuations préventives, se montrant dorénavant particulièrement prudentes, car nombre d'habitants étaient début juillet restés bloqués faute d'avoir suivi les ordres d'évacuation, qui ne sont pas contraignants au Japon.