Selon un bilan très provisoire, six personnes ont été tuées - cinq Afghans et une étrangère dont la nationalité n'est pas précisée.
"L'attaque est terminée, tous les assaillants ont été tués, 126 personnes ont été secourues dont 41 étrangers", a annoncé le porte-parole du ministère de l'Intérieur Najib Danish qui a confirmé la présence de quatre assaillants, dont les corps ont été retrouvés.
Le nombre exact de personnes se trouvant dans l'hôtel lors de l'attaque est toujours incertain, de même que la nationalité des étrangers. Des "opérations de nettoyage étaient toujours en cours au sixième étage" pour faire exploser les munitions restantes, a-t-il ajouté.
L'opération n'avait pas été revendiquée en fin de matinée dimanche mais pour le ministère, le coupable est le réseau terroriste Haqqani, affilié aux talibans et soupçonné de longue date de liens avec les services secrets pakistanais. "Selon nos renseignements, l'attaque a été organisée par le réseau terroriste Haqqani qui bénéficie de sanctuaires hors de l'Afghanistan", affirme le ministère dans un communiqué.
Selon une source de sécurité, le dernier membre du commando s'était retranché "dans une grande chambre avec des otages, afghans et étrangers" qu'il menaçait de tuer. Avant d'être abattu. "On l'entend crier aux otages qu'il les tuera tous s'il ne peut pas s'en sortir", précisait cette source, illustrant ainsi la terreur qui a régné toute la nuit dans l'établissement, l'Intercontinental de Kaboul propriété de l'Etat afghan et non de la chaine internationale éponyme.
Alors qu'une fumée noire s'échappait du sixième et dernier étage peu après 08H00 locales (03H30 GMT) dimanche, des hommes ont tenté de s'enfuir par un balcon au moyen de draps noués. L'un d'eux a lâché prise, en direct à la télévision.
Le commando s'était introduit dans l'hôtel samedi peu après 21H00 (17H30 GMT), déclenchant une explosion avant d'ouvrir le feu au hasard. L'électricité a été coupée dans le quartier et l'hôtel, situé sur une colline de l'ouest de Kaboul, plongé dans l'obscurité toute la nuit à l'exception de hautes flammes qui s'échappaient du toit, en raison d'un incendie déclenché par les assaillants.
"Priez pour moi, je vais certainement mourir", a posté en soirée sur Facebook Aziz Tayeb, directeur régional de la compagnie Afghan Telecom. Avant d'ajouter : "Je suis sorti, mais une centaine de mes collègues et amis sont toujours coincés entre la vie et la mort". Tous se trouvaient là pour une conférence.
Au cours de la nuit, les forces spéciales épaulées par des forces de l'Otan ont repris progressivement le contrôle des étages.
Sur Twitter, des proches angoissés demandaient des nouvelles des leurs séjournant dans l'établissement. De Washington, le département d'Etat appelait à signaler l'éventuelle présence d'Américains.
Selon un voisin de l'hôtel, Abdul Sattar, qui a joint des membres du personnel amis, "les assaillants sont arrivés par le couloir pendant le dîner. Puis ils ont forcé les chambres, pris des otages avec eux et ouvert le feu sur certains d'entre eux".
Plusieurs fortes explosions ont été entendues peu après 04H30 (00H00 GMT) après une relative accalmie. Puis le jour s'est levé sur la façade en partie noircie du bâtiment.
Un comptable de l'hôtel qui a pu s'échapper grâce à sa bonne connaissance des lieux a affirmé à l'AFP que "les gardes se sont sauvés sans combattre, ils n'ont pas riposté, ils n'avaient aucune expérience".
Najib Danish a confirmé qu'une nouvelle compagnie privée avait pris début janvier en charge la sécurité de l'hôtel. L'Intercontinental de Kaboul, l'un des deux cinq étoiles de la ville, accueille fréquemment des mariages, des conférences et des réunions politiques. Sa terrasse illuminée dominant la ville est particulièrement prisée des classes aisées.
L'établissement, ouvert en 1969, avait déjà été visé en juin 2011 par une attaque des talibans qui avait fait 21 morts. Depuis, l'hôtel avait renforcé la surveillance. Mais une journaliste de l'AFP a constaté quelques heures avant la tuerie que la fouille au corps, à l'entrée même du bâtiment, pouvait être aisément contournée en sautant les barrières.
Des mises en garde précises avaient été lancées depuis 48 heures concernant le risque d'attaques contre des lieux fréquentés par les étrangers. Ce qui avait conduit l'ONU et certaines ambassades à décréter l'état d'alerte.
La dernière attaque contre un grand hôtel, en mars 2014, avait visé l'autre cinq étoiles de Kaboul, le Serena. Neuf personnes avaient été tuées, dont un journaliste de l'AFP et sa famille.
Cette attaque survient cinq jours après la visite d'une délégation du Conseil de sécurité des Nations unies à Kaboul, qui a donné lieu vendredi à une réunion de haut niveau au siège de l'ONU à New York.