Pour sécuriser un lieu ou un événement susceptible d'être exposé à un risque terroriste, les préfets (représentants de l'Etat dans les départements) pourront installer des périmètres de protection avec des mesures d'inspection et de filtrage pour les gens souhaitant y pénétrer, faites au besoin avec le concours d'agents de sécurité privée ou de policiers municipaux.
Les préfets auront le pouvoir de fermer administrativement des lieux de culte, si ces derniers provoquent des actes de terrorisme ou en font la propagande. Les motifs visent les "écrits" ou "propos tenus", mais aussi les "idées et théories" qui y seraient diffusées à des fins de soutien au terrorisme. Le Sénat avait jugé en examinant le texte en juillet que les "idées et théories" renvoyaient à des notions aux "contours indécis". L'exécution de la fermeture, d'une durée maximale de six mois, sera assortie d'un délai de 48 heures, ce qui permettra au gestionnaire du lieu de culte de déposer un recours suspensif auprès du tribunal administratif.
Le ministre de l'Intérieur peut décider, sans l'aval d'un juge, de "mesures individuelles de surveillance" pour des personnes soupçonnées d'une sympathie avec la mouvance terroriste pour remplacer les assignations à résidence permises par l'état d'urgence. A la différence de l'état d'urgence, le périmètre des assignations s'étendra au minimum au territoire de la commune, au lieu du seul domicile, et devra permettre à l'intéressé de poursuivre sa vie familiale et professionnelle. La personne visée devra se présenter à la police une fois par jour, contre trois fois sous le régime de l'état d'urgence. La durée totale d'assignation dans un périmètre donné pourra être d'un an maximum. Les personnes ciblées devront "fournir tous leurs numéros de téléphone et identifiants de communication électronique".
Le préfet pourra faire procéder, sur autorisation du juge des libertés et de la détention, à des "visites" (perquisitions) pouvant s'accompagner de saisies de documents ou de données, toujours à des fins de prévention du terrorisme. La personne dont le lieu est "visité" pourra être retenue pendant une durée de quatre heures. Ces "visites" ne pourront concerner les domiciles et les lieux professionnels des avocats, magistrats et journalistes. Les perquisitions ainsi que les assignations sont autorisées jusque fin 2020 et soumises à un contrôle parlementaire. Celui-ci permet aux députés et sénateurs d'être informés en temps réel des mesures prises.
Un fonctionnaire exerçant des missions ou un métier en lien avec la sécurité et la défense pourra être muté, voire radié, si une enquête administrative conclut à sa radicalisation. La procédure vaudra aussi pour les militaires.
Les "repentis" collaborant avec la justice seront davantage protégés. La révélation de leur identité d'emprunt sera incriminée, mais également "tout élément permettant son identification ou sa localisation".
L'Assemblée a aussi créé un nouveau crime pour davantage sanctionner les parents qui inciteraient leurs enfants à commettre des actes de terrorisme ou partir à l'étranger dans ce but.
Le texte transpose la directive européenne autorisant les services de sécurité à exploiter les données des passagers aériens (PNR, données de réservation, et API, données d'enregistrement et d'embarquement). Il crée un système similaire pour les voyageurs maritimes. Le projet de loi précise le cadre juridique pour procéder à des écoutes hertziennes que le Conseil Constitutionnel français avait censuré le 21 octobre 2016. Il prolonge jusqu'en 2020, le recours à des algorithmes sur les réseaux de communication pour détecter des connexions susceptibles de révéler une menace terroriste.
Le code Schengen permet des contrôles d'identité, pendant une durée de six heures, dans une zone de vingt kilomètres le long des frontières intérieures, ainsi que dans les ports, aéroports et gares ferroviaires ou routières ouvertes au trafic international. Le texte élargit la durée de ces contrôles à douze heures et leur périmètre "aux abords" des gares. Au nom de la lutte contre la criminalité transfrontalière, le texte institue aussi une zone de contrôle de 20 km autour de points de passage frontaliers extérieurs (aéroports, ports).