Dimanche, des médias d'Etat saoudiens ont affirmé que Doha avait refusé l'atterrissage à ces avions affrétés par Riyad pour transporter les pèlerins du Qatar.
"Ces allégations sont sans fondement", a déclaré une "source officielle" de l'Autorité qatarie de l'aviation civile.
Le Qatar et l'Arabie saoudite sont à couteaux tirés depuis le 5 juin, quand Riyad et plusieurs de ses alliés dont les Emirats arabes unis, Bahreïn et l'Egypte ont rompu tout lien avec Doha.
Ces pays reprochent au petit émirat gazier de soutenir des groupes extrémistes et de s'être trop rapproché de l'Iran chiite, le grand rival du royaume saoudien sunnite.
La semaine dernière l'Arabie saoudite a annoncé avoir rouvert sa frontière terrestre avec le Qatar afin de laisser entrer les pèlerins qui veulent se rendre à La Mecque pour le hajj qui débute à la fin du mois.
Le royaume saoudien avait également annoncé qu'il enverrait des avions à ses frais pour transporter d'autres pèlerins du Qatar vers son territoire.
Riyad a interdit à la compagnie qatarie de survoler son territoire.
Plus de 1,8 million de fidèles ont pris part au hajj l'année dernière. Ce rituel est l'un des cinq piliers de l'islam que tout croyant est appelé à effectuer au moins une fois durant sa vie s'il en a les moyens.