L’histoire officielle algérienne soutient que la seule colonisation subie par l’Algérie fut la colonisation française. La période turque est quant à elle, présentée comme celle de l’émergence de la conscience nationale algérienne, le pays étant alors décrit comme quasiment indépendant de l’empire ottoman. La réalité historique est bien différente de cette affirmation à la fois idéologique et politique.
La Régence turque d’Alger ne fut en effet pas une possession oubliée en terre africaine, mais un élément essentiel du dispositif impérial ottoman. A la différence de celles de Tripoli et de Tunis, la Régence d’Alger (Wilayat el-Djezair en arabe et Gezayir-i Garp en turc), demeura en effet une colonie de la Porte ottomane sous autorité de Beys nommés à la tête de Beylik ou provinces, puis de Deys placés à la tête de Deylik. Durant les XVIe et XVIIe siècles, le Beylik d’Alger fut un abcès de fixation, une zone tampon entre l’empire des Habsbourg et celui des Ottomans. Une marche frontière en quelque sorte.
Afin de bloquer la poussée ottomane qui, depuis la Méditerranée orientale, se lançait à la conquête du Maghreb, avec pour objectif l’Europe, les Espagnols occupèrent préventivement les principaux ports de la rive sud de la Méditerranée. En 1505, le comte Pedro de Navarre prit ainsi Mers el Kébir; en 1509, ce fut le tour de d’Oran, puis, en 1510, celui de Bougie. Au même moment, les Ottomans prenaient pied en Méditerranée occidentale où des «renégats» avaient précédé leur arrivée. Parmi eux, des Grecs, les frères Barbaros (Barberousse), Aruj et Khayr ad-Din. En 1514, l’aîné, Aruj, s’installa à Djidjelli, dans l’actuelle Algérie.
En 1517, Aruj prit Tlemcen, mais Charles 1er d’Espagne (Charles-Quint) ordonna au gouverneur d’Oran, Diego de Cordoba, de conquérir la ville où Aruj fut pris au piège. Après un siège de vingt jours, il réussit une sortie, mais il fut rattrapé et tué près du Rio Salado.
Ce fut avec son frère, Khayr ad-Din Barbaros, que débuta véritablement la colonisation turque de l’actuelle Algérie. Khayr ad-Din Barbaros prêta hommage au sultan Sélim 1er (1512-1520) dont il reçut le titre de Beylerbey et qui lui envoya une force composée de 6000 hommes dont 2000 janissaires.
Il créa le Heylerbeylik (ou province ottomane du Maghreb) gouverné par un Heylerbey. Le 1er mai 1534, Khayr ad-Din Barbaros fut investi Capoudan Pacha, c’est-à-dire amiral de la flotte ottomane.
En 1544, Hassan Pacha, le fils de Khayr ad-Din Barbaros, devint le nouveau gouverneur turc d’Alger puis, en 1546, à la mort de son père, il fut nommé Beylerbey.
En 1587 le Heylerbeylik du Maghreb fut divisé en trois provinces recoupant les actuels Etats de Libye, de Tunisie et d’Algérie, qui furent gouvernées par des pachas nommés pour trois années, par le sultan turc, les Pachas triennaux.
Il n’y eut jamais de rupture entre Alger et le centre de l’empire ottoman. Voilà qui explique largement pourquoi, il n’y eut pas d’évolution vers une monarchie nationale comme en Tunisie avec les Husseinites, ou comme à Tripoli avec les Karamanli. La raison en est simple: pour qu’une telle évolution se produise, il eut fallu recruter localement des soldats et fonder une dynastie locale, donc détendre les liens avec Istanbul. Les janissaires décidèrent au contraire de continuer à recruter leur milice dans l’Empire et par conséquent, de demeurer liés à lui, affirmant leur loyauté au sultan tout en ayant une certaine autonomie.
Comme les Turcs de la Régence d’Alger fondaient leur autorité sur leur ottomanisme, il en résulta une forte stratification socialo-ethnique de type colonial avec à la tête, les janissaires. L’analyse des inventaires après décès des janissaires morts au XVIIIe siècle montre ainsi que seulement 1% d’entre eux étaient des indigènes. Afin de maintenir leur statut, les Turcs tentèrent de bloquer l’intégration des indigènes au sein de leur élite coloniale. Cette politique clairement endogamique fut poursuivie durant toute la période avec pour but d’éviter la dissolution par mariage dans la masse de la population.
Une véritable ségrégation fut alors la règle avec plusieurs statuts concernant les enfants des janissaires. En haut de l’échelle sociale, se trouvaient les fils qu’ils avaient avec les femmes esclaves européennes, et qui étaient considérés comme des Turcs à part entière. Quant aux fils des janissaires et des femmes indigènes, les Kouloughli, leur statut était inférieur. Les Kouloughli se révoltèrent plusieurs fois contre cette discrimination, mais, à la fin de la période turque, certains réussirent à intégrer la milice et à obtenir de hauts postes administratifs.
Au XVIe siècle, en prenant pied dans l’actuelle Algérie, le but des Ottomans était de conquérir le Maroc afin de constituer une base d’attaque contre l’Europe. Plusieurs tentatives d’invasion du Maroc eurent lieu, mais elles furent toutes repoussées. En 1550, afin de disposer de forces sur la frontière avec le Maroc, Hassan Pacha, fils de Khayr ad-Din Barbaros, fit de Tlemcen un important centre militaire et administratif. Son successeur, Salih Reis (1552-1556), installa une garnison à Biskra d’où il s’avança dans le Sahara, occupant Touggourt et Ouargla afin de tenter de couper le Maroc du sud saharien et de la boucle du Niger.
Les rapports la Régence ottomane d’Alger et l’Empire furent toujours militairement très étroits. Ainsi, en 1638, quand la flotte d’Alger obéit à l’ordre du sultan Murad IV (1623-1640) de le rejoindre dans la guerre contre Venise. A la fin du XVIIe siècle, les responsables turcs d’Alger voulurent gagner une plus grande autonomie, mais en 1661, ils renoncèrent car ils avaient besoin de la protection de l’Empire contre les menaces marocaines.
Au XVIIIe siècle, les provinces ou Beylik étaient au nombre de sept: Alger, Constantine, Oran, Mascara, Mazouna (Rélizane), Tlemcen et Médéa. Chaque Beylik était divisé en plusieurs Outan ayant à leur tête des caïds dépendant directement du Dey. Un siècle plus tard, à la veille de la conquête française, la Régence turque d’Alger n’était plus divisée qu’en trois Beylik (provinces) soumis à l’autorité théorique du Dey d’Alger et dirigés par trois Bey. Il s’agissait du Beylik de Titteri dont le chef-lieu était Médéa, du Beylik de Constantine et de celui de Mascara qui devint celui d’Oran à partir de 1792, date du départ définitif des Espagnols, qui occupèrent la ville jusqu’à cette date. En plus de ces trois ensembles, et dépendant directement de l’autorité du Dey d’Alger, le Dar es Sultan s’étendait à la Mitidja et jusqu’à l’atlas blidéen.
Dans les Beylik, l’autorité «centrale» était théoriquement représentée par des caïds nommés par l’administration turque qui avait à sa disposition une force d’intervention, les janissaires. Le pouvoir ottoman s’appuyait également sur les tribus dites makhzen, auxquelles était délégué le maintien de l’ordre et la levée de l’impôt. Pour appuyer ces dernières, des postes, les bordj, furent créés dans lesquels étaient casernés des janissaires turcs.
Durant la période ottomane, les révoltes berbères furent continuelles. Cependant, elles ne mirent pas en danger la présence turque car, à aucun moment, elles ne furent animées par un sentiment pré-national «algérien».