La police a déclaré que certains manifestants avaient "harcelé et attaqué" des agents dans le quartier de Charlottenburg, dans l'ouest de la capitale allemande, et avaient ignoré les barrages dans la ville.
"Ils ont essayé de forcer le dispositif policier. Cela a conduit à l'utilisation de gaz irritants, de matraques et à des violences physiques", a tweeté la police de Berlin, un tweet ayant entre-temps été effacé, précisant que plusieurs personnes ont été arrêtées.
Un porte-parole de la police a indiqué que 5.000 personnes avaient pris part à la manifestation et que plus de 600 avaient été arrêtées.
La manifestation était organisée par le mouvement "Querdenker" (Libres penseurs), qui s'est imposé comme la principale voix critique contre les restrictions sanitaires imposées en Allemagne.
La justice avait interdit plusieurs de ces manifestations prévues au cours du week-end dernier, notamment celle de dimanche qui devait rassembler quelque 22.500 personnes.
Le tribunal a estimé qu'il ne pouvait autoriser la tenue de ces rassemblements de crainte que les participants n'enfreignent les règles relatives au port du masque et à la distanciation sociale, alors que le nombre d'infections en Allemagne repart à la hausse.
La police de Berlin a déployé plus de 2.000 agents en tenue anti-émeute dans toute la ville, en prévision de la manifestation interdite.
Selon la police, plusieurs milliers de personnes se sont rassemblées dimanche, en particulier dans le quartier de Charlottenburg et dans le centre de Berlin.
La police a menacé d'utiliser des canons à eau pour disperser des groupes qui se dirigeaient vers la Porte de Brandebourg dans l'après-midi, avant que les manifestants ne quittent les lieux.
Certains manifestants brandissaient des pancartes proclamant "Liberté" ou "Non à la dictature du Corona", et très peu de masques étaient visibles dans la foule.
Le mouvement des Querdenker fédère des membres de l'extrême gauche, des adeptes des théories du complot, des détracteurs de la vaccination ainsi que des partisans de l'extrême droite.
Leurs manifestations attirent des milliers, parfois des dizaines de milliers de personnes. Plusieurs de ces rassemblements ont dégénéré en violences.
Les services du renseignement intérieur allemand ont annoncé en avril qu'ils plaçaient des membres des Querdenker sous surveillance, les soupçonnant d'avoir des liens avec l'extrémisme de droite.