Cette mesure a été saluée vendredi par les défenseurs des droits, qui dénoncent depuis plusieurs années le fait que des élèves non musulmanes soient parfois forcées à porter le voile, tenue réglementaire dans certaines écoles.
Les écoles publiques dans l'archipel risquent désormais des sanctions financières si elles continuent à forcer les élèves à se couvrir du voile islamique, selon un décret publié cette semaine par le ministre de l'Education Nadiem Makarim.
Les vêtements à connotation religieuse sont un choix individuel et les écoles "ne peuvent pas les rendre obligatoires", a-t-il souligné cette semaine.
"Le décret est un pas positif pour protéger les droits des femmes en Indonésie", a souligné Andreas Harsono, collaborateur de l'ONG Human Rights Watch à Jakarta.
Les écoles publiques ont forcé des millions de filles et de femmes, élèves et enseignants, à porter le voile, suscitant "harcèlement, intimidations, et des pressions, allant dans certains cas jusqu'à des expulsions ou des démissions forcées", si elles ne se conformaient pas aux règles, a-t-il souligné.
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L'Indonésie, où 90% de la population est musulmane, a longtemps été connue pour sa pratique de l'islam modérée et ouverte aux autres religions. Mais le pays connaît une montée des courants conservateurs.
La question du voile a ressurgi au début de l'année quand une élève chrétienne de la ville de Padang, à l'ouest de l'île de Sumatra, a subi des pressions de son école pour la forcer à porter le hidjab.
Elle a refusé, et ses parents ont enregistré une réunion au cours de laquelle un responsable de l'établissement affirmait que le voile était obligatoire pour les élèves féminines, quelle que soit leur religion.
La vidéo a été largement partagée sur les réseaux sociaux, et l'école a dû s'excuser.
Le ministre aux Affaires religieuses, Yaqut Cholil Qoumas, a estimé que ce cas n'était que "la pointe de l'iceberg".
"La religion n'est pas censée être un sujet de conflit ou une justification pour agir de façon discriminante envers les autres croyances", a-t-il déclaré.
Le nouveau décret, destiné aux écoles publiques, ne s'appliquera pas à Aceh, la seule province d'Indonésie qui observe la charia, la loi islamique, et bénéficie d'une semi-autonomie.