Déjà l'annonce de la réactivation de cette Fondation a été perçue par l'ensemble des acteurs de l'islam de France comme un message de désaveu à l'égard du Conseil Français du culte musulman. Choisir une personnalité connue pour sa défense acharnée de la laïcité pour tenter d'organiser la relation de l'islam avec l'Etat fait tousser les grands spécialistes de ce dossier qui connaissent l'extrême sensibilité de la question.
Par ailleurs, d'autres personnalités politiques se sont interrogées sur la pertinence de nommer une personnalité non musulmane à la tête d'une institution prestigieuse chargée de gérer le culte musulman et sa relation problématique avec l'Etat. Certains, interrogés par Le360, y ont vu une personnification politiquement voulue du sécuritaire et du religieux dans la relation de l'islam et l'Etat .
L'un des premiers hommes politiques français à avoir réagi à cette probable nomination a été le président du Modem, François Bayrou. Il a eu ces mots limpides: "C'est un choix surprenant et qui pose des questions".
"Proposer pour prendre la tête de cette organisation quelqu'un qui n'est pas de culture musulmane, qui n'est pas de sensibilité musulmane et qui n'est pas de culture religieuse, pour moi c'est une interrogation. Comment voulez-vous que les musulmans de France aient ce sentiment de responsabilité si on leur dit en fait, "C'est de l'extérieur et par des responsables tout à fait estimables -Jean-Pierre Chevènement est dans ce cas-là-, mais qui ne partagent ni votre foi, ni votre culture, ni votre manière de voir, qu'on va régler le problème du financement de vos lieux de culte?"
