L'attaque s'est produite dans le département Norte de Santander, une région du nord-est de la Colombie ravagée par la violence entre groupes armés et par le trafic de drogue.
"C'est un lâche attentat, on voit des impacts de balle sur l'aéronef présidentiel", a affirmé Duque dans un communiqué officiel, ajoutant que son service de sécurité et la solidité de l'hélicoptère avaient réussi à empêcher que "quelque chose de mortel" ne se passe.
Des images diffusées par la présidence ont montré plusieurs impacts de balles sur la queue et le rotor principal de l'appareil.
"On ne nous intimide pas avec la violence ni avec des actes de terrorisme. Notre Etat est fort, et la Colombie est assez forte pour affronter ce genre de menace", a ajouté le président conservateur.
Le gouvernement des Etats-Unis a condamné "énergiquement la lâche attaque contre l'hélicoptère", et la délégation en Colombie de l'Union européenne a exprimé son "rejet frontal et complet" face à cet acte.
Il s'agit du premier attentat contre un chef d'Etat colombien depuis celui commis par la guérilla des Forces armées révolutionnaires de Colombie (Farc) en février 2003 contre Alvaro Uribe, le mentor politique d'Ivan Duque. Une bombe de forte puissance avait explosé dans une maison près de l'aéroport de Neiva (sud-ouest) peu avant l'atterrissage de l'avion présidentiel, faisant 15 morts et 66 blessés.
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Duque se trouvait vendredi à bord de l'hélicoptère avec ses ministres de la Défense et de l'Intérieur, et le gouverneur du département Norte de Santander. Personne n'a été blessé dans l'attaque.
L'appareil avait décollé du village de Sardinata, où le président et ses accompagnateurs avaient assisté à une cérémonie, et se dirigeait vers Cucuta, la capitale du département.
Cette zone de grande insécurité, une des principales régions productrices de drogue de Colombie, s'étend le long de la frontière poreuse de 2.200 kilomètres avec le Venezuela.
Les forces gouvernementales y affrontent les guérilleros de l'Armée de libération nationale (ELN), les Pelusos, vestiges d'une insurrection maoïste démobilisée, ainsi que des dissidents des Farc et de nombreux gangs de trafiquants de drogue.
Les groupes armés s'y battent aussi entre eux pour le contrôle des 41.000 hectares de feuilles de coca dans la région, qui est une importante route de contrebande vers le Venezuela et les Caraïbes.
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Le 16 juin dernier, l'explosion d'une voiture piégée à l'intérieur d'une installation militaire de Cucuta avait fait 36 blessés.
Ivan Duque a rompu en 2019 les négociations que son prédécesseur Juan Manuel Santos menait avec l'ELN à Cuba après avoir signé en 2016 un accord de paix avec les FARC. Il a enterré ces pourparlers après un attentat à la voiture piégée de janvier 2019 contre l'école de police de Bogota, dans lequel 22 cadets avaient été tués, outre l'auteur de l'attaque.
Depuis l'arrivée au pouvoir de Duque en 2018, la Colombie est confrontée à la pire vague de violence qu'elle ait connue depuis le désarmement des Farc, essentiellement liées aux rivalités pour le contrôle du trafic de drogue et de l'extraction minière illégale.
Le président de droite est également confronté, depuis fin avril, à une crise sociale qui a éclaté contre un projet de hausse des impôts depuis retiré, et qui se traduit par des manifestations quasi quotidiennes et des affrontements qui ont fait des dizaines de morts.