Devant l'hôpital de la ville, drapeau irakien autour du cou, le chef du gouvernement Haider al-Abadi a appelé "les Irakiens où qu'ils soient à sortir et célébrer" la reprise de Fallouja, un bastion jihadiste à 50 km à l'ouest de Bagdad, parlant d'un moment de "joie". "Nous hisserons bientôt le drapeau irakien à Mossoul", a-t-il ajouté en référence à la deuxième ville du pays, située dans le nord.
Fallouja avait été la première cité d'Irak à tomber aux mains de l'EI en janvier 2014. Les jihadistes avaient ensuite mené une offensive éclair leur permettant de mettre en déroute l'armée irakienne et de conquérir de vastes régions à l'ouest et au nord de la capitale Bagdad, esquisse d'un "califat" autoproclamé à cheval sur l'Irak et la Syrie.
Mais, depuis plus d'un an, l'EI a perdu les deux-tiers de ces territoires face aux avancées des forces irakiennes soutenues par les frappes des avions de la coalition internationale conduite par les Etats-Unis.
Après avoir repris Ramadi, chef-lieu de la grande province occidentale d'Al-Anbar, Bagdad a lancé l'offensive sur Fallouja le 23 mai. Conduites par l'unité d'élite du contre-terrorisme (CTS), les troupes entraient dans la ville une semaine plus tard. Mais, assiégés, les jihadistes ont opposé dans le centre une forte résistance.
Les forces irakiennes ont finalement déclaré la victoire totale en prenant dimanche le quartier d'Al-Jolan, où s'étaient retranchés les derniers jihadistes.
Crise humanitaire "Aujourd'hui, je suis très heureux", a confié Mohammed Abed, engagé dans les forces irakiennes et natif de Fallouja. "Fallouja est une très belle ville (...) Ce qui lui est arrivé est très malheureux", a-t-il ajouté.
L'opération militaire n'a pas causé de destruction majeure dans la ville, a indiqué à l'AFP le commandant des forces irakiennes, le général Abdelwahab al-Saadi, assurant que "le pourcentage de destruction n'est pas supérieur à 10%".
Il ne reste plus que quelques "poches de résistance au nord-ouest de Fallouja", selon un porte-parole du commandement conjoint de coordination des opérations contre l'EI en Irak.La bataille de Fallouja a entraîné une crise humanitaire avec le déplacement de quelque 85.000 civils ayant fui la ville en un mois, selon l'ONU.
A ces conditions difficiles, se sont ajoutées les inquiétudes sur le sort de centaines d'hommes ayant disparu après avoir fui la ville essentiellement peuplée de musulmans sunnites.
Un responsable militaire a indiqué samedi que les forces irakiennes avaient contrôlé 20.000 personnes afin de démasquer d'éventuels jihadistes qui tenteraient de se mêler au flot de déplacés.
Des récits de civils incriminent les forces paramilitaires du Hachd al-Chaabi, dominées par des milices chiites, qui ont joué un rôle important dans l'offensive de Fallouja.
Début juin, l'organisation Human Rights Watch (HRW) avait appelé le gouvernement irakien à enquêter sur des abus présumés, ce qu'a promis M. Abadi.
