Les suspects ont refusé de se rendre au moment où la police a tenté d'investir une maison où ils se trouvaient à Tangerang, ville à environ 25 km à l'ouest de Jakarta, donnant lieu à un échange de coups de feu, selon la même source.
"Nous avons demandé aux trois hommes de se rendre, mais ils ont refusé. L'un d'eux a lancé une bombe (en direction de policiers). Heureusement, la bombe n'a pas explosé, et nous avons riposté avec fermeté", a déclaré un porte-parole de la police nationale.
Les extrémistes présumés projetaient de poignarder un policier dans un poste de police et de perpétrer un attentat suicide à Noël dans un lieu très fréquenté, a précisé la police.
Le projet d'attaque a été révélé par un membre du groupe qui a été interpellé plus tôt mercredi et a informé les enquêteurs des intentions des trois suspects, ajoute la même source.
Cette opération intervient moins de deux semaines de l'arrestation dans la banlieue de Jakarta de quatre extrémistes parmi lesquels une femme qui prévoyaient de commettre un attentat suicide visant un poste de surveillance du palais présidentiel.
Certains suspects sont membres d'un réseau extrémiste local ayant prêté allégeance à l'organisation terroriste Etat islamique (EI), a observé la police.
Les policiers constituent une cible fréquente d'attaques en Indonésie, pays musulman le plus peuplé au monde. L'influence grandissante de Daech y a été mise en exergue par les attentats suicides et attaques armées le 14 janvier à Jakarta, qui avaient fait quatre morts. Les quatre assaillants avaient été abattus.