Après avoir atteint la catégorie maximale de 5, Iota a été rétrogradé en catégorie 4 par le Centre national des ouragans américain (NHC) mais reste qualifié d'"extrêmement dangereux" avec des vents de plus de 250 km/h.
L'oeil d'Iota a touché terre à 19h00 locales (01h00 GMT) à 41 km au sud de la ville portuaire nicaraguayenne de Bilwi, a précisé lors d'une conférence de presse à Managua Marcio Baca, directeur de l'institut nicaraguayen de météorologie Ineter.
"Le vent est trop fort, il a tout emporté, le toit et les fenêtres en bois de ma maison en béton. J'ai dû me réfugier dans une maison voisine", a témoigné à l'AFP une habitante de Bilwi, au Nicaragua, Jessi Urbina.
D'autres habitants de la ville ont raconté que l'ouragan avait arraché des toits "comme s'ils étaient en carton".
Iota suit la même trajectoire que l'ouragan Eta, de catégorie 4, qui a dévasté l'Amérique centrale, faisant plus de 200 morts il y a à peine 15 jours.
Ce nouvel ouragan représente une "menace mortelle" pour l'Amérique centrale, a averti le NHC, basé à Miami.
L'ouragan, le 13e de l'année à frapper l'Amérique centrale, menace des zones au Honduras et au Nicaragua de "pluies torrentielles", de "vents extrêmement violents" et de "submersions côtières dangereuses", selon les météorologues américains.
Des dizaines de milliers de personnes ont été évacuées préventivement au Nicaragua, au Honduras et au Guatemala qui ne se sont pas encore relevés du passage d'Eta. Le Salvador s'est également déclaré en alerte maximum.
Eta a privé de maisons des centaines de milliers d'habitants et causé d'énormes dégâts aux infrastructures. Environ 2,5 millions de personnes ont été affectées, selon les estimations officielles.
Les pluies torrentielles de Iota vont donc s'abattre sur des terres gorgées d'eau et sur des populations déjà sinistrées par inondations et glissements de terrain.
A Bilwi, au Nicaragua, ville portuaire de plus de 40.000 habitants, principalement des indiens Miskitos et des descendants d'Africains, beaucoup se sont efforcés dimanche et lundi de renforcer les toits de leurs frêles maisons de bois.
"Jamais nous n'avons vu auparavant des ouragans se succéder ainsi en si peu de temps", se désespérait Silvania Zamora, une habitante de Bilwi.
"Psychologiquement, ce n'est pas facile de perdre ce que l'on possède et de recommencer. Certains ont de vieilles petites maisons et nous risquons de tout perdre", a-t-elle expliqué. "Certains d'entre nous préfèrent rester et mourir ici dans leur maison", a-t-elle déclaré à l'AFP.
Les autorités ont ordonné aux habitants de quitter les lieux, mais beaucoup refusent de se rendre dans les refuges déjà saturés par crainte du Covid-19.
"Quelque 80.000 familles seront en danger", selon Guillermo Gonzalez, chef de l'agence nicaraguayenne de gestion des catastrophes Sinapred. Les populations près de la frontière avec le Honduras sont en train d'être évacuées, a-t-il dit.
Le NHC prévoit jusqu'à 40 centimètres de précipitations sur le Honduras, le nord du Nicaragua, le Guatemala et le sud du Belize, avec des pluies encore plus fortes par endroits allant jusqu'à des cumuls de 76 cm.
"Ces pluies entraîneraient des crues soudaines et des inondations importantes et potentiellement meurtrières, ainsi que des glissements de terrain", a-t-il averti.
Au Honduras, en prévision d'inondations imminentes, policiers et militaires ont évacué dimanche au moyen de canots et d'hélicoptères, pour la deuxième journée consécutive, des dizaines de milliers d'habitants de la vallée de Sula, aux abords de San Pedro Sula, deuxième ville du pays.
Le pays a été durement frappé par Eta, et 40.000 personnes sont toujours réfugiées dans des centres d'hébergement.
Le gouvernement a réduit l'eau contenue dans le principal barrage hydro-électrique du Honduras, en prévisions des pluies d'Iota qui pourraient le faire déborder.
Au Guatemala, l'agence de gestion des catastrophes a appelé les habitants à évacuer dans le nord et le nord-ouest du pays.
Le réchauffement des mers causé par le changement climatique rend les ouragans plus forts plus longtemps après qu'ils touchent terre, selon les scientifiques.
Un nombre record de 30 tempêtes tropicales a été enregistré cette saison dans les Caraïbes, en Amérique centrale et dans le sud-est des Etats-Unis.
Les chefs d'Etat d'Amérique centrale, qui accusent les pays industrialisés d'être responsables du réchauffement climatique, ont présenté conjointement lundi une demande d'aides pour la reconstruction aux organismes financiers internationaux.