M. Moubarak avait été condamné à la prison à vie en 2012 mais un nouveau procès avait été ordonné par la justice. Une cour criminelle avait ensuite acquitté l'ex-président, décision confirmée jeudi en cassation.
Il s'agit de la dernière procédure judiciaire visant M. Moubarak. L'ancien président a été impliqué dans plusieurs affaires depuis son retrait du pouvoir en février 2011.
Dans ce dossier, il a été accusé d'avoir incité au meurtre de manifestants pendant la révolte de 18 jours, au cours de laquelle quelque 850 personnes ont été tuées lors d'affrontements avec la police.
M. Moubarak, 87 ans, a passé le plus clair de son temps dans un hôpital militaire depuis son arrestation en 2011.
En janvier 2016, la cour d'appel a confirmé une peine de trois ans de prison pour M. Moubarak et ses deux fils dans une affaire de corruption.
Mais la peine prononcée tenait compte du temps déjà effectué en prison. Ses deux fils, Alaa et Gamal, ont été remis en liberté.
Avant la révolte, Gamal avait été longtemps pressenti pour prendre sa succession à la tête de l'Egypte.